گرگان رود بزرگترین رود استان گلستان است که از شرق به غرب جاری است به غیر از چند شاخه مانند مادرسو و کرکوئی که از شرق خراسان شمالی سر چشمه می گیرد.بقیه شعبات از داخل استان گلستان و عمدتا از شرق و جنوب شرقی استان سر چشمه می گیرد. اکثرا در ابتدا از سر چشمه ها و بارش ها و گاهی از ذوب شدن برف ها که در مناطق کوهستانی دارای آبشار های متعدد است.از سرچشمه های متعدد به هم پیوسته و رود بزرگ گرگان رود را تشکیل می دهد. علت اصلی این نامگذاری این است که این رود از شهر گرگان قدیم (گنبد کاووس فعلی) می گذرد و به همین خاطر گرگان رود گفته می شود.
این رود پس از گذشتن از گنبد كاووس و آق قلا در غرب خواجه نفس، پس از طی مسافت ۲۵۰ کیلومتری، به درياي خزر مي ريزد. گرگان رود و شعباتش در مناطق کوهستانی دارای شیب تند و در کف رود دارای سنگهای درشت و شن و آبی صاف می باشد و هر چه به مناطق پست می رسد شیب کم و رسوبات آن ریز ماسه و خاک رس و آب گل آلود است. این رود ،دره ای به عمق ۶ تا ۱۰ متر دارد و در مواقع سیلابی پر از آب می شود. رودخانه گرگانرود به دليل سرعت جريان و دبي زياد همراه با طغيان آب در ماه هاي پرآب سال كه منجر به گل آلودگي شديد آن مي شود داراي تراكم بنتيک كمتري نسبت به ساير رودخانه ها مي باشد.
مسیر قدیمی این رود به گونه‌ای بود که از کمیش تپه به دریا می‌ریخت، اما در حدود ۱۱۰ سال پیش شخصی به نام حضرتقلی از خان‌های ناحیه سلاخ آب رود را تغییر داده، آن را به سمت سلاخ آورده و به این ترتیب مسیر رود به سمت خواجه‌نفس تغییر کرد. در سفرنامه کلنل ییت انگلیسی نیز در این مورد آمده است: «در حدود ۸ سال پیش مسیر رود را تغییر داده، از کمش تپه به سمت خواجه نفس آوردند.»
شاخه‌های رود گرگان عبارتنداز:
۱) ساری سو: از کوههای گلیداغ سرچشمه گرفته، در نزدیکی چای قوشن به رود گرگان میریزد.
۲) رود حاجی قره
۳) یلی چشمه
۴) رود خورخور
۵) رود اوغان
۶) نرمه آب: در نزدیکی مینودشت
۷) رود نوده و چقالی
۸) جاجرم و پشت بسطام
۹) رود نردین
۱۰) رود کارلی
۱۱) آبگرم
۱۲) وال قوش کپری: در ناحیه قره‌سو
در حاشیه رود گرگان، گیاهان خودرویی چون کنگر، یونجه، گل نرگس، گل لاله، زنبق و اقسام گوناگون علف‌های مناسب برای خوراک دام می‌رویند. گیاهان کنار این رود بیشتر از انواع سالوسه هستند.
